Roky po smrti sv. Terezie
V dalších letech Anna musela mnoho vytrpět pro tělo světice, jež nepodléhalo zkáze a vydávalo vůni. Jak to bylo dojednáno mezi karmelitánským řádem a avilským biskupem D. Alvadem de Mendoza, ještě když Matka byla naživu, tělo světice mělo být pochováno ve sv. Josefu v Avile, ať by bylo místo jejího úmrtí kdekoli. Proto řád rozhodl r. 1585 o převozu těla do Avily. Vévodskému páru z Alby se však podařilo vyjednat, aby tělo bylo ponecháno trvale v Albě. Anna byla velmi zklamaná ve svém očekávání. Zemřela v naději, že tělo bude přece jen vráceno klášteru sv. Josefa. Předpověděla mnohé, co se skutečně splnilo, ale v tomto případě se mýlila.
Tři roky (1591–1594) Anna tráví v karmelitánském klášteře v Madridě. Tento dům prožije kritický okamžik, když se řeholnice, v čele s Annou od Ježíše, pokusí hájit určitou svobodu proti řádovým představeným, zejména proti generálnímu vikáři P. Mikuláši Doriovi. Byla to doba napětí, jež vedla k sesazení madridské převorky; Anna byla zavřena. Aby rozmíšky ukonejšili, poslali představení Marii od sv. Jeronýma, řeholnici u sv. Josefa v Avile, která byla spřízněná se svatou Matkou, do Madridu jako představenou a Annu od sv. Bartoloměje vzali jako její průvodkyni. Je pozoruhodné, jak Anna přispěla svým důvtipem a laskavým chováním k překonání ožehavé situace. „Jednala jsem s velkou touhou po míru a byla jsem v každé době ostatním řeholnicím k službám vždy s tak velkou láskou a radostí, že se na mne zcela spolehly, a to aniž jsem musela porušit věrnost, náležející mé představené. Když ke mně přicházely od ní vyzkoušeny, říkala jsem jim: ,Naše Matka vás velmi miluje, nemyslete si nic jiného, a jestliže máte pochybnost, zkuste to, jděte k ní upřímně, neboť vím jistě, že si přeje vám všemožně sloužit.‘ A převorce jsem řekla, aniž bych si stěžovala na řeholnice: ,Matko, řeholnice vás velmi milují, utěšujte je vždy, když k vám přijdou, jsou opravdu dobré, jen jsou ustrašené; buďte k nim laskavá!‘ Celé ty tři roky jsem měla tuto úlohu a brala na sebe všechna zarmoucení, jež se vyskytovala. Ale protože ta trápení byla kvůli Ježíši, nepřipadala mi jako soužení, ale jako líbezná hudba.“
Roku 1595 musely obě – Marie od sv. Jeronýma i Anna – odjet na zakládání v Ocana. O čtyři roky později (1599) však již byly opět v původním klášteře v Avile. V této době začíná druhé Annino poslání. To první byla její spoluúčast na Tereziině životě a jejích úkolech. Druhé poslání bude znamenat dovést karmelitánský řád za španělské hranice, do Francie a do Flander.