Janova mystická nauka
Tyto poukazy na hlavní světcova díla nám pomáhají přiblížit si charakteristické body jeho obšírné a hluboké mystické nauky, která má za cíl popsat bezpečnou cestu k dosažení svatosti, stavu dokonalosti, ke které Bůh volá nás všechny. Podle svatého Jana od Kříže všechno, co existuje, je stvořeno Bohem a je to dobré. Prostřednictvím tvorů můžeme objevit Toho, který v nich zanechal svoji stopu. Víra je však jediný zdroj darovaný člověku, aby poznal Boha takového, jaký je sám v sobě, jako Boha Trojjediného. Všechno, co Bůh chtěl zjevit člověku, řekl v Ježíši Kristu, svém vtěleném Slovu. Ježíš Kristus je jedinou a definitivní Cestou k Otci (srov. Jan 14,6). Jakákoli stvořená věc je ničím ve srovnání s Bohem a mimo Něho neplatí nic: v důsledku toho je k dosažení dokonalé Boží Lásky nutné, aby se každá jiná láska přizpůsobila Lásce Boží v Kristu. Odtud plyne důraz, který svatý Jan od Kříže klade na očištění a vnitřní vyprázdnění, nezbytné k proměně v Boha, jediný cíl dokonalosti. Toto „očištění“ nespočívá v pouhém fyzickém odnětí věcí nebo jejich užívání. Očišťuje a osvobozuje duši odstraněním každé nezřízené závislosti na věcech. Všechno musí mít své místo v Bohu jako středu a cíli života. Dlouhý a úmorný proces očišťování vyžaduje jistě osobní úsilí, ale pravým protagonistou je Bůh: všechno, co může učinit člověk, je: „připravit se“, být otevřen pro Boží působení a neklást Mu překážky. Životem Božských ctností se člověk pozvedá a dává hodnotu vlastnímu úsilí. Rytmus růstu víry, naděje a lásky jde zároveň s očišťováním a postupným sjednocováním s Bohem až k přetvoření v Něho. Je-li dosaženo tohoto cíle, duše se ponoří do samotného Trinitárního Života. O tomto ponoření svatý Jan tvrdí, že duše miluje Boha touž láskou, jakou ji miluje On, protože Ho miluje v Duchu Svatém. Proto Mystický učitel říká, že neexistuje pravé sjednocení lásky s Bohem, pokud nevrcholí v jednotě Trojice. V tomto vrcholném stavu poznává svatá duše všechno v Bohu, a aby k Němu došla, nepotřebuje již prostřednictví tvorů.