Janovo dílo
Jan je pokládán za jednoho z nejvýznamnějších lyrických básníků španělské literatury. Jeho větší díla jsou čtyři: Výstup na Horu Karmel, Temná noc, Duchovní píseň a Živý plamen lásky. V Duchovní písni svatý Jan popisuje očistnou cestu duše, tj. postupující radostné osvojování si Boha, až duše pocítí, že miluje Boha touž láskou, jakou ji miluje On. Živý plamen lásky pokračuje v této perspektivě a líčí podrobněji stav proměňujícího sjednocení s Bohem. Přirovnáním, které Jan používá, je vždy oheň. Jako oheň, který čím více plane a stravuje dřevo, tím více žhne, až se samo dřevo stává plamenem, tak také Duch Svatý, který duši během temné noci očišťuje, „tříbí“, postupně ji osvěcuje a rozpaluje, jako by byla plamenem. Život duše je ustavičným svátkem Ducha Svatého, který jí dává patřit na slávu sjednocení s Bohem na věčnosti.
Výstup na horu Karmel představuje duchovní cestu z hlediska postupného očišťování duše, nezbytného k výstupu na vrchol křesťanské dokonalosti, symbolizované vrcholem hory Karmel. Toto očišťování je představeno jako cesta, kterou člověk podstupuje ve spolupráci s Božím působením, aby osvobodil duši od každého přilnutí nebo citu, který odporuje Boží vůli. Toto očišťování, aby mohlo dojít ke sjednocení s Bohem, musí být úplné, začíná u smyslového života a pokračuje očišťováním, které nastává prostřednictvím tří Božských ctností: víry, naděje a lásky, které očišťují rozum, paměť a vůli. Temná noc popisuje „trpný“ aspekt, totiž Boží zásahy do procesu „očišťování“ duše. Lidské úsilí totiž není schopno samo od sebe dosáhnout až k nejhlubším kořenům špatných osobních náklonností a zvyků; může je pouze brzdit, ale nikoli beze zbytku vykořenit. K tomu je třeba zvláštního Božího působení, které radikálně očistí ducha a uschopní ho, aby se s Ním mohl v lásce sjednotit. Svatý Jan definuje toto očišťování jako „trpné“ právě proto, že ačkoli je duše přijímá, uskutečňuje se tajemným působením Ducha Svatého, který jako plamen ohně stravuje každou nečistotu. V tomto stavu je duše podrobena veškerému druhu zkoušek, jako by se nacházela uprostřed temné noci.